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In questo castello nacque e visse San Francesco Saverio, cofondatore della Compagnia di Gesù. La sua costruzione risale al X secolo, ma nel corso degli anni, fino al XV secolo, subì diversi rifacimenti. È un buon esempio di fortezza medievale e uno dei luoghi più visitati della Navarra. Ogni anno, nel mese di marzo, quando si celebrano le Javieradas, c'è la tradizione di ospitare i pellegrini che ogni anno si recano nella città di Javier.
È classificato come Bene di Interesse Culturale e Patrimonio Storico della Spagna. Il nome Javier deriva dal basco etxeberri ("casa nuova"), che nella sua evoluzione divenne javier. La grafia originale è Xavier, mentre in basco si scrive Xabier.
Si compone di tre organi, successivamente scaglionati in ordine di anzianità. I punti salienti includono la "Torre del Santo Cristo", un bastione e una cappella dove si trova un interessante crocifisso tardo gotico e una serie di dipinti murali che rappresentano la danza della morte, unici in Spagna; la "Torre dell'Omaggio", detta San Miguel (la parte più antica del castello) e il museo dedicato alla vita del santo. Sulle sue basi sono presenti tracce e plinti musulmani che potrebbero risalire al X secolo. Nell'XI secolo si formò il primo recinto circostante che ospitò i primi ambienti. Nel XIII secolo furono aggiunti due corpi poligonali e due torri laterali nei quattro orientamenti.
Il castello e la città di Javier furono conquistati da Sancho VII di Navarra intorno all'anno 1223. Un nobile aragonese li aveva dati in pegno per un prestito di 9.000 stipendi concessogli dal monarca navarrese, ma scaduto il termine e non potendo effettuare il pagamento, divennero proprietà di Sancho. Non era la prima volta, né sarebbe stata l'ultima, poiché Sancio VII fu uno dei grandi prestatori della Corona d'Aragona e, grazie ai prestiti non restituiti, rilevò una serie di città e castelli dati in garanzia che lo aiutarono a rafforzare i suoi confini con l'Aragona: Escó, Peña, Petilla, Gallur, Trasmoz, Sádaba, ecc.
All'inizio del XX secolo, la duchessa di Villahermosa donò il castello e la basilica alla Compagnia di Gesù con la condizione che venissero mantenuti così come le erano stati donati. Nella cripta della basilica riposano i resti di coloro che contribuirono alla ricostruzione del castello e all'erezione della basilica: la duchessa di Villahermosa, suo marito José Manuel de Goyeneche (conte di Guaqui) e i fratelli María Josefa (duchessa di Goyeneche), Carmen (duchessa di Gamio) e José Sebastián de Goyeneche y Gamio (fondatore della Fondazione Goyeneche).
San Francesco Saverio nacque nel castello di proprietà dei suoi genitori, María de Azpilicueta e Juan de Jaso, il 7 aprile 1506. Suo padre era dottore in giurisprudenza e presidente del Consiglio reale. Sua madre apparteneva alla nobiltà locale. I suoi fratelli maggiori erano Magdalena, Ana, Miguel e Juan. Il castello fu la sua casa per 19 anni. Da lì andò a studiare all'Università della Sorbona a Parigi, dove incontrò nuovamente Ignazio di Loyola. Con questo ed altri amici decidono di fondare la Compagnia di Gesù.
Con il patrocinio del re del Portogallo, intraprese il compito di evangelizzare le Indie Orientali. In questi anni svolge la sua opera missionaria in India, nelle Molucche, a Malacca, in Mozambico... fino a raggiungere il Giappone. Proprio nel momento di realizzare la sua più grande aspirazione, entrare in Cina per continuare la sua missione evangelizzatrice, morì sulle coste dell'isola di Sancián il 3 dicembre 1552. Francisco de Javier fu canonizzato il 12 marzo 1622.
Oggi, tra l'altro, è il patrono della Navarra, di diversi paesi come il Canada e l'Australia, degli atleti navarresi in generale e dei pelotari del mondo in particolare, patrono della Gioventù della Navarra, delle Misiones, del turismo in Spagna. Ogni anno, nella prima quindicina di marzo e in concomitanza con la Novena delle Grazie, Javier diventa meta del pellegrinaggio penitenziale di tutta la Navarra. Il numero medio di visitatori è di 30.000 persone ogni fine settimana.
